Hela arvsmassan ska analyseras på cancersjuka barn

Snart kan fler barn med cancer få säkrare diagnos och behandling. I ett nationellt pilotprojekt ska ett stort antal cancersjuka barn erbjudas en analys av hela arvsmassan. Målet är att få världens modernaste diagnostik för barncancer.

Nu pågår intensiva förberedelser på landets barnonkologiska centrum för att barn med misstänkt cancer ska kunna erbjudas en så kallad helgenomsekvensering, som innebär en kartläggning av hela arvsmassan.

− Det är rörande att se vilken entusiasm vi har från alla orter i Sverige. Man vill verkligen att det här ska fungera och att barnen ska få tillgång till de nya diagnosverktygen, säger projektets samordnare David Gisselsson Nord, patolog i Region Skåne och barncancerforskare vid Lunds universitet.

Inom både forskning och klinisk barncancervård har gensekvensering länge använts för att upptäcka mutationer, alltså genetiska förändringar, i cancercellerna. Genom att titta på ett urval av gener har cancern kunnat klassificeras och rätt behandling sättas in. De metoder som har använts för att hitta mutationer har dock varierat efter vilken cancer som misstänks, men också styrts av vilken forskning som bedrivs på sjukhusen. Det har inneburit att vissa tumörer har hanterats olika i landet.

− På vissa orter har man haft jättemånga genetiska verktyg i klassningen men på andra orter har det knappt funnits något. Vår vision är att ska bli mer jämlikt nu och målet är att vi ska få den modernaste diagnostiken i världen, fortsätter David Gisselsson Nord.

Genom pilotprojektet, som finansieras av Barncancerfonden, ska de olika sekvenseringsverktygen slås ihop till en enhetlig metod. Fördelen är att när hela arvsmassan analyseras kan nästan alla genetiska förändringar upptäckas. Med mer exakt genetisk information kan diagnosbedömningen bli ännu säkrare än i dag.

− Det är sällsynt med felaktiga diagnoser i dag men ibland tar det lång tid att bli säker för vi har inte alla verktygen på plats. Har man fler genetiska markörer tar processen kortare tid och vi blir ännu säkrare på vilken cancer det rör sig om.

Helgenomsekvensering innebär också att man lättare kan upptäcka bakomliggande ärftliga faktorer.

− Om vi ser en ökad risk för föräldrar och syskon kan vi följa upp dem för att hitta en eventuell cancer i tid.

Få barn i Sverige har hittills gjort en analys av alla gener i kroppen men för sexåriga Vilfred Lindqvist som insjuknade i högriskneuroblastom vid 16 månaders ålder har metoden inneburit en väg tillbaka till livet.

Då, för fyra år sedan, var situationen mycket kritisk eftersom sjukdomen inte svarade på standardbehandlingen. Förklaringen kom när en dna-analys visade en genetisk avvikelse som försvårar kroppens hantering av cellförändringar, och även leder till att cellgifter och strålning inte fungerar. När läkarna förstod orsaken kunde ett målstyrt läkemedel som stänger av en gen sättas in, och Vilfred tillfrisknade.

När metoden nu ska användas rutinmässigt finns en möjlighet att upptäcka fler barn som, liksom Vilfred, har en genetisk känslighet för konventionell cancerbehandling.

− Det är en viktig aspekt, men bara ett fåtal barn kommer att beröras av det. För det mesta klarar vi oss jättebra med de verktyg som redan finns. I dag finns väldigt få målstyrda läkemedel för barn, men det här är ett sätt att rigga för en framtid där det finns fler sådana läkemedel.

Metoden är även ett långsiktigt forskningsprojekt som syftar till en bättre förståelse av barncancer.

− Genom att bygga upp stora datamängder kan framtidens patienter ha nytta av det. Därför vill vi ha med så många barn som möjligt.

Målet är att kunna starta gentesterna under nästa år.

− Men det är otroligt svårt att förutse exakt när eftersom mycket inte ligger i våra händer. Det är en stor utmaning att bygga in både forskning och sjukvård på ett säkert sätt i sjukvårdsorganisationerna.

Förutom att lösa långsiktig finansiering, få etiska tillstånd och ta fram rutiner för databehandling återstår även att få till en fungerande och patientsäker provhantering. För att kunna göra en analys av hur cancern ser ut på genetisk nivå krävs nämligen färska prover från den sjuka tumörens celler som sedan ska jämföras med prover från friska celler från samma patient.

− En utmaning är hur vi hanterar vävnad, hur proverna skickas och tas om hand på varje ort. Målet är att barncancerproverna från början tas om hand på ett sätt som är lämpligt även för forskningen.

Metoden kräver också avancerad utrustning som inte finns på alla barnonkologiska centrum. Planen är därför att koncentrera sekvenseringen till några större universitetssjukhus som blir nav dit övriga centrum skickar sina prover.

− På de större orterna är man igång och testkör metoden på avidentifierade patienter för att säkerställa att den, och även kedjan för att hantera färska prover, fungerar. Vi jobbar jättemycket och det är verkligen på gång nu, säger David Gisselsson Nord.

Helgenomsekvensering – så går det till

1. Efter en första utredning avgörs var provet för dna-analys ska tas. Vid solida tumörer, exempelvis en misstänkt hjärntumör, tas provet från sjuk vävnad i hjärnan. För att kunna jämföra med friska celler behövs även ett blodprov. Vid blodsjukdomar som leukemier tas provet från benmärgen där cancercellerna alstras. För att få ett prov på friska celler görs en hudbiopsi. Proverna måste vara färska och får inte, som ofta tidigare, läggas i fixeringsmedel.
   
   
2. Proverna skickas till en patolog som genom mikroskopi avgör om det verkligen rör sig om cancer. Man bedömer också om provet innehåller tillräckligt mycket sjuk vävnad. Detta krävs för att sekvenseringen ska fungera.
   
   
3. En del av provet skickas till en genetisk avdelning som tar fram dna-sekvensen. Här jämförs den sjuka tumörvävnaden, eller benmärgsprovet, mot normalproverna för att se om det finns genetiska avvikelser eller om det rör sig om normalvariationer.
   
   
4. Svaret från genetikerna skickas tillbaka till patologen. Därefter skickas ett svar med information om diagnos och subgrupp till behandlande onkolog. Svar som gäller eventuella ärftliga faktorer kan följa senare. Överbliven vävnad sparas i Barntumörbanken för framtida forskning.

Flaggskeppsprojekt för Barncancerfonden

Barncancerfonden har gjort en jättesatsning för att alla barn som insjuknar i cancer ska helgenomsekvenseras. Hittills har 15 miljoner gått till Genomic Medicine Swedens ambitiösa projekt.

Läs mer