Mjukdelstumörer är en undergrupp av tumörsjukdomar som uppstår i muskler, fett och annan stödjevävnad. Mer än hundra olika varianter har beskrivits; många av dessa är helt godartade, medan andra är mycket aggressiva. Flera av dessa varianter förekommer enbart hos barn, eller är betydligt vanligare hos barn än hos vuxna. Precis som för andra tumörtyper finner man att de genetiska avvikelserna i dessa tumörer varierar beroende på vilken typ det är, och för vissa av mjukdelstumörerna har man hittat förändringar som är specifika, dvs de förekommer inte i någon annan tumörform. Detta innebär att påvisandet av sådana förändringar kan bidra till att ställa rätt diagnos, så att patienten får korrekt behandling. Dessutom kan kunskapen om de genetiska förändringarna göra att vi bättre förstår hur tumörerna uppkommer och utvecklas, och därigenom ge insikter som kan ha betydelse för utvecklandet av nya behandlingsformer.
Avsikten med projektet är sålunda dels att studera vilka genetiska förändringar som kännetecknar olika typer av mjukdelstumör, dels att klargöra vilken påverkan dessa förändringar har på cellnivå. De delprojekt som i första hand är aktuella för mer detaljerade studier inom projektet är att:
1) Identifiera de gener som påverkas av fusionsgenerna YAP1::KMT2A::YAP1 samt EWSR1::NR4A3 i sarkom från barn, i syfte att hitta bättre diagnostiska verktyg samt potentiella behandlingsmål.
2) Utvärdera möjligheten att klassificera mjukdelstumörer hos barn genom global geneexpressionsanalys. Genom RNA-sekvensering av drygt 20 olika typer av mjukdelstumör hos barn ska specifika gensignaturer i de olika tumörtyperna eftersökas. RNA-sekvenseringen av de aktuella tumörerna är genomförd och bioinformatisk bearbetning pågår.
3) Utvärdering av mekanismerna bakom uppkomst av amplifiering av fusionsgenen COL1A1::PDGFB som av oklar anledning förekommer i olika former hos små och äldre barn med jättecellsfibroblastom/dermatofibrosarcoma protuberans.