Singel-cell analys av barntumörer
Varje cell i våra kroppar bär samma genetiska information i sitt DNA, vilket är instruktionsmanualen för allt liv. DNA transkriberas till RNA som translateras till protein, cellernas funktionella enheter. Cellens funktion bestäms på så sätt av vilka delar av cellens DNA den “läser” för att producera funktions-specifika protein - detta är vad som skiljer till exempel hudceller från nervceller.
När cancer uppkommer ändras DNA koden genom mutationer, på ett sätt som leder till okontrollerad celldelning, vilket i sin tur ger upphov till än mer mutationer. När en tumör upptäcks består den oftast av flera olika kloner, var och en med unika genetiska förändringar. Vi vet också att tumörceller vanligtvis uppvisar funktionell heterogenitet, men sambandet mellan genetisk mångfald och funktionell heterogenitet är fortfarande oklart.
Att förstå detta samband är av avgörande betydelse för att förstå hur mutationer driver en tumör att utvecklas och undkomma behandling. Det skulle direkt förbättra hur väl vi kan använda DNA-sekvensering för att identifiera högriskcancer, följa behandlingssvar och upptäcka uppkomst av högriskkloner hos patienter.
Med konventionella analysmetoder för tumör DNA, får man ut en profil - att slags “medelvärde” av tumören. För att kunna förstå vilka subkloner som finns i tumören har vi utvecklat metoder som låter oss analysera ett stort antal enskilda celler från ett patientprov. De är så kallade “multiomik metoder”, där både DNA och RNA sekvenseras från samma enskilda cell, vilket betyder att vi kan hur subklonala DNA-förändringar påverkar cellens funktion.
I projektet ska vi använda denna metod, för att analysera DNA och RNA från enskilda celler från flera olika barntumörer, både barnleukemi och olika sarkom. Genom att analysera en mängd olika tumörer kommer vi att få insikt i hur subklonala förändringar i DNA är associerade med cellernas funktion, och i vilken grad sambandet är beroende av tumörtyp.