The 22nd International Conference on Systems Biology
The 22nd International Conference on Systems Biology
Projektet har som syfte att undersöka hur heterogeniteten inom tumörer som uppstår i nervsystemet regleras, med fokus på tumörformerna glioblastom, medulloblastom och neuroblastom. Tumörheterogenitet kan antingen syfta till att tumörer skiljer sig åt mellan patienter, inter-patient heterogenitet, eller att tumörceller inom samma tumör skiljer sig från varandra, intra-tumör heterogenitet. Det är lätt att förstå varför tumörheterogenitet försvårar behandling. En behandling som fungerar bra för en patient kan ha mycket lägre effektivitet på en annan patients tumör, eller så är behandlingen väldigt effektiv mot en viss typ av tumörceller, medan andra tumörceller i samma tumör är resistenta. För de tumörformer som undersöks här är både inter-patient och intra-tumör heterogeniteten utbredd, men projektet fokuserar på intra-tumör heterogeniteten. Tidigare arbeten har visat att tumörceller inom en tumör kan befinna sig i olika cellulära tillstånd, där varje tillstånd har sin specifika molekylära profil och funktion. För att komplicera bilden ännu mer så har man sett att tumörceller som befinner sig i ett tillstånd kan hoppa över till ett annat tillstånd, intra- tumör heterogeniteten är med andra ord inte statisk utan föränderlig över tid (plastisk).
I det här arbetet har vi tagit fram en algoritm där man matar in den molekylära profilen för enskilda celler och får ut en förutsägelse om hur de olika tillstånden regleras, t.ex. vilka proteiner som styr övergången från ett tillstånd till ett annat. På det sättet kan vi identifiera sätt att antingen hindra celler från att röra sig till ett visst tillstånd (t.ex. ett behandlingsresistent tillstånd) eller tvinga cellerna in i ett annat (t.ex. ett behandlingskänsligt). Projektet bidrar till en ökad förståelse för hur tumörcellers inneboende förmåga att ordna sig i och röra sig mellan tillstånd är organiserad, samt hur det kan angripas i behandlingssyfte.