Timing av genetiska förändringar i solida barntumörer
Timing av genetiska förändringar i solida barntumörer
Cancer uppkommer på grund av att enstaka celler i kroppen börjar dela sig på ett okontrollerat sätt. Ofta beror denna okontrollerade celldelning på förvärvade genetiska förändringar (dvs mutationer). Okontrollerad celldelning kan också i sin tur leda till att tumörcellerna förvärvar ytterligare genetiska förändringar, vilket skapar en ond cirkel.
Det här projektet handlar om att med hjälp av storskalig sekvensering (s.k. helgenomsekvensering) uppskatta när under tumörutvecklingen som specifika genetiska förändringar uppstår. Genom att sekvensera flera olika vävnadsprover från en och samma tumör från patienter med wilms tumör och neuroblastom och sedan genom bioinformatisk bearbetning av denna data kommer vi skapa släktträd över tumörcellerna i varje tumör.
Storskaliga sekvenseringsdata ger oss också möjlighet att uppskatta hur ofta tumörcellerna förvärvar nya mutationer. Genom att integrera detta med släktträden kan vi sedan räkna ut när under tumörutvecklingen som vissa specifika genetiska avvikelser uppstod. Eftersom vissa typer av mutationer uppstår med samma takt i alla kroppens celler är det också möjligt att räkna ut när under patientens liv specifika genetiska förändringar uppstod i tumören.
Vi har i ett pilotprojekt analyserat sekvenseringsdata från fyra patienter med wilms tumör, och denna analys visar att en vanlig genetiska förändring i wilms tumör tycks kunna uppstå redan i fosterstadiet. Om projektet genomförs kommer det ge viktig ny information om hur lång tid det tar från att de första genetiska förändringarna uppstår tills patientens tumör upptäcks samt ge viktig information om de tidiga genetiska händelserna i utvecklingen av både wilms tumör och neuroblastom. Om vi kan validera våra pilotresultat i en större grupp patienter skulle den informationen i framtiden kunna användas som del i ett screeningprogram för att tidigt upptäcka barn med wilms tumör.