Utforskning av mikromiljön i barnlymfom med 3D-mikroskopi
Utforskning av mikromiljön i barnlymfom med 3D-mikroskopi
Syftet med detta projekt är att utforska tumörmikromiljön i vävnadsprover från barn med Hodgkins lymfom (HL) och icke-Hodgkins lymfom (NHL). Tumörers mikromiljö kan avslöja kritiska detaljer om tumörens uppkomst vilket kan användas för att utveckla ny behandling och diagnostisering. Vi rapporterade tidigare att 3D- mikroskopi kan användas för att studera det inre landskapet hos tumörer och diagnostisera och stadium-bestämma tumörer mer exakt än dagens 2D- mikroskopi-metoder som används på sjukhus (Nature Biomed Eng 2017). Med hjälp av antikroppar färgade vi in vaskulärsystemet i intakta tumörer och karakteriserade dess intrikata arkitektur i tre dimensioner. Informationen kunde sedan användas för att med mycket hög träffsäkerhet bestämma tumörens malignitet. Nyligen publicerade vi en förbättrad 3D-mikroskopi-metod som också kan undersöka RNA-uttrycket i hela tumörer (Nature Biomed Eng 2020). 3D-visualisering av RNA erbjuder fördelar jämfört med 3D-studier av proteiner med antikroppar, såsom enklare tillverkning av prober, snabbare och effektivare diffusion av proben djupt in i vävnaden. Vår 3D-mikroskopi- plattform använder light-sheet mikroskopi och kan snabbt och enkelt utforska invecklade RNA-uttryck och protein-strukturer på cellnivå, i intakta vävnadsprover. Dagens histopatologiska 2D-mikroskopi-metoder som sjukhusen använder för att diagnostisera HL och NHL biopsier är resurs- och tidskrävande och kan ibland resultera i felaktiga diagnoser. Genom att använda 3D-mikroskopi och avancerad bildbehandling, baserad på maskininlärning, vill vi utforska tumörmikromiljön och förbättra histopatologin av HL- och NHL-biopsier från barn. Vi vill också identifiera nya molekylära markörer, såsom icke-kodande RNA, som kan avslöja ny information om uppkomsten av lymfom, vilket kan användas för att mer exakt diagnostisera dessa tumörer och bidra till utvecklingen av nya behandlingar av HL- och NHL. Projektet är ett samarbete med patologer på Akademiska sjukhuset i Uppsala.